Ya se dijo en su día que 'The Legend of Zelda: Majora's mask 3D' incluiría un par de cambios en el estilo de juego para tratar de cambiar los errores del pasado. Ya se hizo en 'The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D' con las botas de hierro, que se cambiaron para convertirlas en objetos para que el Templo del Agua sea algo más llevadero al no tener que pausar el juego repetidas veces.
Clases de natación
Según han mostrado los chicos de GameXplain, que tienen ya una versión final del juego, han comprobado que el personaje de Link Zora ha recibido un cambio en su forma de nadar estándar. Ahora, si el jugador le da al botón A para nadar más rápidamente, Link nadará de forma normal y más veloz, cambio que hace que el jugador no se golpee contra los numerosos muros del Templo de la Gran Bahía.
En contraposición, muchos usuarios verán que el estilo de nado como un delfín ha sido trasladado a ser usado únicamente cuando usen la barra de magia para crear la barrera eléctrica. Con este cambio ya no será posible nadar en la Gran Bahía como si de un delfín se tratase, algo con lo que muchos aprendían a manejarse en el agua con la máscara de Zora.