Cuando salieron hace varios años para la Game Boy Advance, 'Pokémon Rubí' y 'Pokémon Zafiro' incluyeron una novedad conocida como las bases secretas, en las que el usuario tenía su espacio privado y podía decorarlo a su gusto para así compartirlo con amigos y poder visitar sus bases secretas y enfrentarse a sus equipos. Esta cualidad que le añadía mucho valor al juego fue descartada en futuras entregas y se espera que para 'Pokémon Rubí Omega' y 'Pokémon Zafiro Alfa' de Nintendo 3DS vuelvan.
Bases y superbases
Mediante un comunicado oficial, Nintendo ha anunciado el regreso de las bases secretas con un nuevo añadido: las superbases secretas. Las Superbases Secretas ofrecerán una nueva manera de expresar la creatividad del jugador y quedar con sus amigos. Mediante las funciones de comunicación de la consola, se podrá conectar con otros jugadores de cualquier parte del mundo y compartir las Bases Secretas. Cuando alguien visite la Base Secreta de otro jugador, verá a los miembros de su grupo y podrá hablar con ellos y librar combates; y se podrá convertir al dueño en un amigo secreto para enseñarle la base para así poder seguir librando combates o ayudarse mutuamente usando técnicas especiales.
Habrá una novedad que añadirán las Superbases Secretas, que es la caza de banderas. El jugador podrá examinar la bandera que encontrará junto al PC Secreto de la Base Secreta de otro jugador, y hacerse con ella, peor sólo se podrá capturar una a diario de cada base que se visites. Así el jugador aumentará el rango de su equipo y obtendrá diferentes premios como potenciar las habilidades de sus Amigos Secretos. Por ahora, se sabe que se podrá compartir la Superbase Secreta con jugadores de todo el mundo creando un QR Code, aunque no se sabe si también se compartirían mediante StreetPass para que así sea más fácil conseguir más bases secretas y que haya mayor movimientos de ellas.