Cuando se anunció 'Persona Q: Shadow of the Labyrinth', que juntaba a los personajes de Persona 3' y 'Persona 4: The Golden' muchos usuarios se quedaron extrañados al ver que tiene a todos los personajes de la tercera entrega. Ante esto, muchos usuarios adoptaron rápidamente que como se trata de un spin-off, su historia no tiene por que seguir a pies juntillas los hechos transcurridos en los dos juegos.
AVISO SPOILERS
Sin embargo, todo parece indicar que la historia que cuente 'Persona Q: Shadows of the Labyrinth', entra totalmente dentro de la línea argumental de la serie. Un representante de Atlus confirmó que los hechos del juego importan en la serie, pero que no puede decir por qué porque eso sería un spoiler del juego.
Para los que se pregunten por qué el lío de si es un juego argumentalmente fiel, en el final de 'Persona 3', el protagonista fallece en la escena final, y los motivos de su fallecimiento son desvelados en el capítulo adiciona "The Answer" de la versión mejorada 'Persona 3: FES'. Precisamente, es por esta razón por la que el protqagonista de 'Persona 3' no puede aparecer en 'Persona 4: Arena' de forma normal, y su aparición en 'Persona q: Shadows of the Labyrinth' es algo que tendrá que explicar el juego.