
Juego que se desarrolla en una isla llamada Katorga-12, antaño de la URSS. Allí se desarrollaban investigaciones en torno a un objeto que solo se encontraba en el lugar: el E99. Temiendo un desastre similar al de Chernobil, Estados Unidos envía al Capitán Nathaniel Renko (el protagonista), y a Devlin, su compañero, a investigar. Un peligroso pulso electromagnético pone fuera de combate el helicóptero en el que viajaban. Poco después de llegar a la isla, Renko comienza a pasar del presente a 1955, cuando tuvo lugar un catastrófico accidente en la isla. En su primer viaje a esta fecha salva a un científico conocido como Nikolai Demichev de morir en un incendio. El gobierno ruso ha ocultado toda la información respecto a lo acontecido en la isla en 1955, así que será nuestra misión descubrir que pasó en esa fecha, y en que consistía en el trabajo de Demichev.