La medio genio más genial vuelve por quinta vez para salvar el día. Esta vez sus andaduras le llevan de vacaciones a una isla donde puede reunirse con otras chicas de su misma especie híbrida, pero antes de poder estrechar profundos lazos con cada una de ellas son secuestradas por la magia de las maléficas Siete Ninfas. Sólo Shantae, la única de haberse librado del misterioso cautiverio, puede salvar a sus nuevas amigas, reforzar sus poderes mágicos y descubrir el misterio que se oculta en lo más profundo de la isla que dicen que se construyó sobre una antigua ciudad sumergida.
Esta quinta entrega de la franquicia vuelve a tomar el aproximamiento metroidvania para progresar a lo largo de un gran mapa y seis mazmorras que lo componen, desbloqueando por el camino nuevas transformaciones en animales de la isla, hechizos exclusivos de cada medio genio y secretos que desenterrar de todas partes.