Juego originalmente lanzado para la SNES y que sirve a modo de secuela situada cronológicamente después de 'Mega Man 8' en la que controlamos tanto al mítico héroe robótico Mega Man y al peligroso Bass, la más poderosa de las creaciones del malvado Dr. Wily. Ambos recorrerán caminos separados para enfrentarse al misterioso King, un villano que se ha proclamado el robot más poderoso del mundo y pretende crear una utopía en la que los seres humanos sean extinguidos. Para detener a sus enemigos convence a ocho robots diferentes que sirven a modo de jefes finales, dos de ellos viejos conocidos de 'Mega Man 8', al estilo de los 'Mega Man' clásicos: cuando superes una de las fases podrás enfrentarte a tu rival de turno y adquirir de él habilidades para hacer frente a otros enemigos y hacer más accesible tu viaje. Dispara, salta y deslízate para salvar la Tierra de la terrible amenaza.