Segunda entrega para Nintendo 3DS de la saga Inazuma Eleven GO, a su vez el quinto de la línea principal (Inazuma Eleven). Siguiendo el estilo de los juegos roleros japoneses, hay dos ediciones: Llamarada y Trueno.
La trama se centra en un momento de historia en el que el equipo de fútbol se ha disuelto y JP se ha ido a otro equipo. Se une a la historia Fei Rune, un chaval del futuro al que acompaña un oso-robot llamado Clark von Wunderbar, quienes lo avisan del efecto de la organización El Dorado, empeñados en provocar la desaparición del fútbol; una misión que encargan al personaje Alpha junto con su equipo, que recibe el nombre de Protocolo Omega.
El juego añade una función nueva a los Espíritus Guerreros: la Armadura de Espíritu Guerrero como elemento más señalado, y es capaz de acrecentar el poder y las supertécnicas del personaje.