Cien años después de los acontecimientos de 'Dragon Quest' la paz que el héroe consiguió establecer se rompe cuando el mago Hargon ataca el castillo Moonbrooke. El único superviviente da su vida por informar al rey de lo que está ocurriendo que envía a su hijo, descendiente del legendario guerrero Loto, a derrotar a Hargón.
En el camino encontrará nuevos amigos y aliados, como el Príncipe de Cannock y la princesa de Moonbrooke, y juntos emprenderán un periplo en el que tendrán que averiguar cómo derrotar al nuevo enemigo del mundo sin caer en sus peligrosas artes.
Esto pasará por conseguir encontrar unos objetos mágicos que contrarrestan la magia de Hargon y les permite enfrentarse a ellos. Sin embargo, no todo será viajar. El temible mago les estará pisando los talones a sabiendas de qué linaje corre por las venas del nuevo héroe porque no sería la primera vez que el mundo cae ante los guerreros de Loto.