'Atelier Lydie & Suelle: The Alchemists and the Mysterious Paintings' nos pone en la piel de Lydie y Suelle, dos chicas de catorce años que se entrenan para aprobar el examen de alquimista y conseguir ser reconocidas en la capital de su reino como las mejores de su materia. Todo se debe a la promesa que hicieron a su madre antes de que falleciera, con lo que se proponen ser las mejores hijas posibles a la vez que cuidan de su desastroso padre.
Para lograrlo atraviesan diferentes cuadros con mundos contenidos por dentro y grandes misterios por desatar a la par que ayudan a quienes encuentran en su camino, preparadas para descubrir la magia de la alquimia y los secretos que guarda esta poderosa ciencia en cada uno de sus ingredientes. Para alcanzar el final de este camino conocerán a conocidas de la saga como Ilmeria, Firis o Sophie, cuyas historias tocan a su fin en esta última entrega de la subsaga 'Mysterious'.